C'est l'histoire de deux frères, Alphonse et Edward Elric qui sont passionés d'alchimie. Ils vivent chez leur mère (leur père étant parti je-ne-sais-où, Ed le déteste) et habitent pas loin de leur amie d'enfance, Winry et sa grand-mère mamie Pinako. Au début de l'anime ils sont très jeunes (10 ans je crois) et à la suite du décès de leur mère, ils souhaitent la faire ressuciter en faisant une transmutation humaine, mais cette pratique est interdite. Pensant qu'ils aboutiront à une réussite, ils sont confiants, mais le pire arriva : lors de cette transmutation Ed a perdu un bras et une jambe, et Al la totalité de son corps, alors Ed attache l'âme de son frère à l'aide de son sang dans une armure en dessinant un cercle de transmutation. La cause de cette perte : l'alchimie repose sur le principe fondamental de l'échange équivalent : pour chaque chose reçue il faut en abandonner une autre de même valeur. Pour ce qui est de leur mère, ils n'ont pas réussi...