Le groupe est créé en 1997 par le producteur et compositeur Tsunku, ex-chanteur du groupe pop Sharan Q, avec les finalistes malheureuses d'un concours de chant télévisé pour l'émission télé Asayan: Yūko Nakazawa, Aya Ishiguro, Natsumi Abe, Kaori Iida et Asuka Fukuda, plus tard désignées comme la première génération, auxquelles s'ajoutent de nouveaux membres au fil des ans et des nouvelles générations, toutes des idols - de jeunes artistes à l'image innocente, pour un total de 29 en 11 ans et 9 générations. L'effectif du groupe change donc constamment, mais demeure réduit du fait de départs réguliers de membres, les sotsugyō ou graduations. Le groupe était cependant inhabituellement stable depuis mi-2007, sur le modèle des autres groupes réguliers du Hello! Project, Berryz Kōbō et °C-ute. Le départ de Koharu Kusumi en décembre 2009 marque donc la fin de la plus longue formation stable de l'histoire du groupe, qui aura duré deux ans et demi.

La popularité des Morning Musume explose en 1999 avec le single Love Machine, et se maintient à un très haut niveau durant les deux années suivantes, notamment avec le succès de son premier best-of en 2001, avant de décliner lentement mais surement, non sans avoir battu des records de longévité et de ventes de disques au Japon. Le groupe est la vedette de sa propre émission télévisée dominicale de 2000 à 2008, Hello! Morning (renommée Haromoni@ en 2007, arrêtée en octobre 2008), ainsi que de films pour le cinéma et la télévision, de comédies musicales, de concerts, de spectacles sportifs, de shows télévisés, et apparait dans de nombreuses publicités pour d'autres marques. Son image et celle de chacun de ses membres sont exploitées dans de nombreux produits dérivés, livres de photos, cartes à collectionner, jeux vidéos, figurines et gadgets divers.

Morning Musume, dont le succès s'étend en Asie, et même virtuellement dans le monde entier grâce à une communauté internationale de fans très active sur internet, tente de s'ouvrir au marché chinois en intégrant deux ressortissantes de ce pays en 2007, Jun Jun (ou Junjun) et Lin Lin (ou Linlin), les premières membres étrangères et les seules à part la soliste du H!P Miki Fujimoto à ne pas avoir été sélectionnées au cours d'une audition nationale. Le groupe est apparu pour la première fois en occident lors de la convention Anime Expo de juillet 2009 à Los Angeles. Il fait sa première apparition en Europe et en France en juillet 2010, comme invité d’honneur musical de la 11^e Japan Expo à Paris du 1 au 4 juillet, avec un concert payant le 2 juillet.

Après quatre années sans auditions, une nouvelle audition pour découvrir les futures membres de la 9^e génération est lancée le 9 août 2010, pour succéder à Eri Kamei, Jun Jun et Lin Lin dont les graduations (départs) simultanées (une première dans l'histoire du groupe) ont lieu le 15 décembre 2010. En attendant les résultats de l'audition puis la fin de la formation des futures membres, le groupe se retrouve provisoirement réduit à cinq, comme à ses débuts 13 ans auparavant. Le 2 janvier 2011, quatre nouvelles membres sont officiellement présentées au public : trois débutantes issues de l'audition, et Mizuki Fukumura issue du Hello Pro Egg et ex-membre de Shugo Chara Egg!, seule membre avec Miki Fujimoto dans l'histoire du groupe à avoir eu une activité au H!P avant son intégration. Comme pour les précédentes, cette "neuvième génération" devrait rejoindre le groupe de manière effective au terme d'une formation de quelques mois.