Sur une petite île japonaise isolée de tout, la vie semble s'écouler tranquillement jusqu'au jour où une entité gigantesque inconnue fait son apparition non loin de là et commence à attaquer l'île. Seuls les enfants ne comprennent pas ce qui se passe et sont rapidement évacués dans des abris souterrains. Les adultes quant à eux, savent comment réagir. En quelques instants, des champs de force sont activés autour de l'île et un véritable arsenal de guerre caché au milieu de la ville est déployé afin de faire face à cette entité qu'ils nomment Festum.

Attaquées par une espèce mystérieuse, les Festums, la quasi-totalité des nations ont disparues. Parmi les rares populations survivantes, il en est une qui vit sur une île paisible. Celle-ci est peuplée d'adultes cherchant à combattre les Festums, et d'enfants à qui l'on cache la vérité. Mais une fois la bataille commencée, c'est la vie de tous les habitants qui s'en retrouvent bouleversés. Tout l'espoir de cette population réside dans le Fafner, l'arme ultime contre les Festums, développé sur l'île, et dont les enfants ont été modifiés afin de pouvoir le piloter...